鄒伯奇平生喜好經史、名物制度,淡泊仕途,恬適自甘,一心求有益有用的實學。以學、以教、敬其業而終其身。咸豐七年(1857年)起先受聘為廣州學海堂學長、廣雅書院教習。同治三年(1864年),郭嵩燾聘請其測繪廣東地圖。同治五年和七年,曾兩次受聘為京師同文館教習,他一一謝絕。他樂於在家鄉與諸多學者共同探討學術。