朱世傑之後,元朝未出現高深的數學著作。明朝時期,雖然農、工、商業仍在發展,卻由於理學統治、八股取士、大興文字獄,禁錮了人們的思想,扼殺了自由創造。明朝數學水平遠低於宋元。大數學家都看不懂增乘開方法、天元術、四元術等宋元重要成就,漢唐宋元數學著作不僅沒有新的刻本,反而大都失傳。從此,中國失去了數學大國的地位。另一方面,珠算盤的應用得到普及,並逐步取代算籌成為人們的主要計算工具,至今發揮著有益的作用。明朝出現了許多使用珠算的著作。程大位的《算法統宗》對普及珠算起了巨大作用,其影響遠被朝鮮、日本和東南亞。