西藏人敬重的贊著松贊干布及其王妃在紅山岩窟修習，在山上修建殿堂供奉旃檀觀音，贊普和王妃被認為是觀音和度母的化身，紅山的宮殿乃稱為布達拉宮，藏語的意思是「觀世音菩薩居住的普陀洛伽山」。作為王宮寺院的大昭寺，一波三折的建寺傳說反映了吐蕃土著宗教和初傳佛教之間激烈的矛盾衝突，大昭寺初建之時就與布達拉宮構成了緊密的關係：布達拉宮象徵王權，大昭寺則是藏傳佛教的標誌，所以當朗達瑪為振興苯教而滅佛時，便故意在擁有崇高地位的大昭寺門前屠宰牲畜，將釋迦牟尼佛像投入湖中。

　　公元11至13世紀，布達拉宮衰微而不為人知，但此時大昭寺香火仍然興盛，薩迦派統治西藏期間還對寺院進行大規模維修。公元15世紀，宗喀巴創建格魯派，自1409年起，每年藏曆正月初三至正月二十五日在大昭寺舉行傳昭大法會，屆時拉薩各大寺的數萬名喇嘛都會雲集大昭寺誦經祈禱，香客奉獻布施，高僧大德在法會上講經說法，僧人擊掌辯經考取格西學位。1642年，五世達賴建立甘丹頗章王朝，擴建白宮和紅宮並將政權機構移駐布達拉宮內，布達拉宮此時的輝煌象徵著藏傳佛教發展的黃金階段。然而，此時的大昭寺仍然是宗教活動的中心，寺院也設置了一些噶廈政府的機構，這是政教合一政權體制下藏傳佛教特殊的形式。