南京臨時政府建立後困難重重，革命派內部的妥協傾向日益嚴重，立憲派又與袁世凱互相勾結，使得孫中山無能為力。他在當選臨時大總統後，即按各省代表會議的決議致電袁世凱，表示「虛位以待」。稍後更接受南北議和的條件，準備推薦袁世凱為臨時大總統。 　　1912年2月12日，清帝宣布退位，孫中山亦於當日向臨時參議院提出辭職。三日後，臨時參議院選舉袁世凱為臨時大總統。袁世凱旋即指使曹錕在北京發動兵變，以需要維持北方秩序為理由，拒絕南下就職，並於3月10日在北京就任臨時大總統職。孫中山在4月1日於南京解職，由他主持的臨時政府隨之結束，臨時參議院遷往北京。辛亥革命的成果開始為袁世凱攫奪。